Die Ursprünge der Sammlung gehen auf den Lörracher Altertumsvereins zurück, der 1882 von kulturell interessierten Bürgern gegründet wurde. Sie stellten anlässlich der 200-Jahrfeiern der Stadtrechsverleihung eine volkskundliche Ausstellung mit Alltagsobjekten, Archivalien und Kunstwerken zusammen.
1927 schenkte der Verein – der mittlerweile in eine Ortsgruppe der „Badischen Heimat“ umgewandelt war – der Stadt Lörrach die Sammlung mit der Auflage, diese zu betreuen und weiter auszubauen.
In der ehemaligen markgräflichen Hofküferei, ein Barockgebäude am Burghof, wurde 1932 das Heimatmuseum eröffnet.
Nach dem 2. Weltkrieg dauerte es bis 1953, bis das Museum neu eröffnet wurde. Die Dauerausstellung konzentrierte sich auf drei wesentliche Sammlungsgebiete: Religiöse Kunst, Malerei, Volkskunde
Nach dem Abriss des Barockgebäudes 1975 wurde die Sammlung bis zur Wiedereröffnung im heutigen Museumsgebäude 1978 in städtischen Gebäuden zwischengelagert. Das heutige Museumsgebäude entstand 1755 als Tabakfabrik und diente ab 1761 als Schule. 2002 wurde das Museumsgebäude erneut umgebaut und teilsaniert.
Das heutige Museumsgebäude entstand 1755 in spätbarockem Stil als Tabakfabrik. Fast 200 Jahre, seit 1761 diente es als Schule. Zuerst unter dem Namen Pädagogium, später Progymnasium, dann Gymnasium und zuletzt Hebelgymnasium.
Beim Umbau zum Museum blieb die historische Außenfassade erhalten, innen wurde das Gebäude vollständig entkernt.
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